糞便發(fā)酵是無害化處理的主要環(huán)節(jié)，通過高溫發(fā)酵，糞便中的病原菌和雜草種子被殺滅，有機質(zhì)腐殖化，其中養(yǎng)分變成容易被農(nóng)作物吸收的營養(yǎng)物質(zhì)。建造合理的糞便發(fā)酵車間，有利于有機肥原料發(fā)酵的工業(yè)化生產(chǎn)，最大效能地發(fā)揮發(fā)酵設(shè)備的作用，同時給工作人員一個良好的工作環(huán)境。

例如對于上萬頭豬的養(yǎng)豬企業(yè)，發(fā)酵車間建造尺寸為一般在長60-80m、寬12-20m、邊緣高4.5m，蓋頂選用陽光板，使太陽熱能透過陽光板來提高發(fā)酵車間室溫，加快發(fā)酵物料起始溫度的提高。頂部留有換氣孔，以便物料發(fā)酵時產(chǎn)生的水蒸氣等氣體散發(fā)排出。四面墻體為磚混結(jié)構(gòu)，留好門窗。因每個客戶場地大小不一樣，在購買有機肥翻堆機前，可以根據(jù)客戶的場地先設(shè)計發(fā)酵車間和生產(chǎn)車間的設(shè)備布置。

除了使用槽式翻堆機來發(fā)酵以外，還可以采用平地式發(fā)酵，也就是直接用翻堆機在發(fā)酵車間或露天場地用平地行走式翻堆機進行發(fā)酵。槽式發(fā)酵需使用軌道式翻堆機，而平地式發(fā)酵無需砌專用的發(fā)酵槽和購買專用的道軌，直接購買一臺履帶式翻堆機即可進行翻堆作業(yè)。這種翻堆機操作方便，使用靈活，對于生產(chǎn)規(guī)模較小的養(yǎng)殖場或有機肥生產(chǎn)企業(yè)來說，省去了土建方面的投資，買回來可以直接使用，是個不錯的選擇。

比起傳統(tǒng)的堆肥模式，當(dāng)代工業(yè)化堆肥生產(chǎn)采用了發(fā)酵菌劑來使物料快速腐熟，一般情況下，每噸發(fā)酵物料需加萬分之一的發(fā)酵茵劑，發(fā)酵菌劑可均勻撒在已經(jīng)發(fā)酵槽的物料表面，通過翻拋機發(fā)酵設(shè)備持續(xù)攪動，使發(fā)酵茵劑和發(fā)酵物料均勻混和，促進豬糞發(fā)酵腐熟。

建造發(fā)酵車間使用槽式發(fā)酵便于物料升溫保溫，在冬春季每3天在中午時分翻料1次，夏秋季每3天翻料2次，使物料發(fā)酵溫度控制在55～70℃之間。發(fā)酵溫度可用棒式數(shù)顯溫度計測控。豬糞在夏秋季節(jié)發(fā)酵，時間控制在10天左右，冬春季節(jié)為15～20天。經(jīng)過以上發(fā)酵過程，糞便已基本腐熟。然后出發(fā)酵槽，在庫內(nèi)堆置10天左右完成后熟，至此糞便無害化處理過程全部結(jié)束。

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