畜禽糞便是生產有機肥非常好的原料，但是這些原料中含有大量的微生物有害病菌，是不能直接施用的，一定要進行深度高溫發(fā)酵。發(fā)酵的目的主要是兩個，一是殺滅有害病菌，一是將未充分消化的物質進行有機質化，增加實際有機質的含量。而這個堆肥發(fā)酵方法就包括好氧發(fā)酵和厭氧發(fā)酵，那么這兩種發(fā)酵形式有什么相同點與不同點呢？

相同點：降解有機污染物，殺滅病原體，提高N、P的比例，使生肥變成植物更易于吸收的熟肥。

不同點：好氧發(fā)酵時間較短，需要自然通風或強制通風，需要翻動，能耗相對較高；厭氧堆肥時間較長，臭味較大，能耗較低等。

發(fā)酵主要是在發(fā)酵槽中進行，將畜禽糞便堆放在發(fā)酵槽中，同時添加適量的發(fā)酵菌種，通常發(fā)酵的時間為10-20天。經過深度發(fā)酵后的糞便，出槽后進行粉碎、篩分后，即可直接施用。但還只是稱之為傳統(tǒng)的農家肥，需要其各營養(yǎng)含量達到相應的肥料產品標準，才能稱之為商品有機肥料。

在目前有機肥發(fā)酵工藝里，使用較多的還是好氧發(fā)酵。與厭氧發(fā)酵不同，好氧發(fā)酵需要使用有機肥翻堆機定期對物料進行翻堆，以便物料與氧氣充分接觸。這期間是否需要翻堆是根據(jù)溫度所達到的程度不同，有機肥發(fā)酵過程分為三個階段：低溫期、高溫期、降溫期（保溫階段）。

低溫期，溫度在20℃--35℃左右。此時，中溫性微生物繁殖旺盛，開始對有機肥原料進行分解。分解過程中產生的熱量不斷使有機肥發(fā)酵原料堆溫度升高，使發(fā)酵過程進入下一個階段。

高溫期，溫度在40℃~70℃左右。此時，微生物菌群大量繁殖，對有機肥原料的分解和發(fā)酵的速度大大加快。在這個階段中，原料中的蟲卵病菌，逐漸被殺死。隨著熱量累積，當溫度超過70℃后，低溫微生物菌會死掉，高溫菌活性也會降低，發(fā)酵速度會減慢。通常會對有機肥發(fā)酵原料進行翻堆處理，防止溫度過高導致的發(fā)酵速度減慢。

降溫期（保溫階段），隨著發(fā)酵過程的結束。發(fā)酵堆溫度逐步降低下來直到與略高于室溫。然后封堆保存。

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